Après avoir obtenu le premier prix de flûte et de musique de chambre au CNSM de Suède, son pays natal, Lena vient en France en 1991 poursuivre sa formation à l'Ecole Normale Supérieure de Musique de Paris. Elle y obtient le diplôme supérieur à l’unanimité, et depuis, sa carrière l’amène dans le monde entier.
En France, Lena Gutke joue au sein de diverses formations, allant de son duo de prédilection, Duo Entracte, avec la harpiste Odile Abrell, à de grandes formations telles que l'Orchestre Philharmonique International ou l'Orchestre de Chambre Musica Sconosciuta. Son trio «Trio Troll», avec Mimi Sunnerstam au violoncelle, interprète depuis vingt ans de la musique scandinave à travers la France et à l’étranger. En Suède, elle est régulièrement invitée pour jouer avec des musiciens du «Swedish Chamber Orchestra», ou en récital avec le pianiste Bernt Wilhelmsson.
De formation classique, son répertoire s’agrandit au fur et à mesure de ses rencontres, et contient aujourd’hui également du jazz, de la musique ethnique, folk, et moderne.
Lena Gutke a enregistré les parties de flûte du CD BabelEyes, elle participe à sa version scénique depuis sa naissance.